L'histoire de Bratislava commence dans les années 400 - 500 avant J.C. avec la fondation d’une grande ville des Celtes "Oppidum" sur le territoire actuel de la ville de Bratislava. Du I^er au V^e siècle, le territoire actuel de la ville était connu sous le nom "Limes Romanum" et représentait une des frontières fortifiées de l'Empire romain. On date aux environs de 500 l’arrivée des Slaves dans la région.

Entre le X^e et le XIII^e siècle, un marché se développe dans le futur centre de la ville au pied du château de Bratislava et devient un centre important. À partir de l'an 1000, Bratislava est un port de la Hongrie, puis de l'Autriche. Au même moment, le château de Bratislava est le château le mieux fortifié de Hongrie, il a souvent dû faire face à des troupes hostiles et il est une des résidences fréquentes des rois de Hongrie. En 1490, la ville est le siège de la première université de Slovaquie, l'Universitas Istropolitana, fondée par Matthias Corvin.

En 1529, les Turcs ne parviennent pas à prendre la ville malgré un long siège, mais ils occupent Budapest. La conséquence de cette occupation est importante pour Bratislava puisque, entre 1536 et 1784, la ville est la capitale du royaume de Hongrie. Bratislava devient le siège de la Diète hongroise et la ville où les rois et les reines de Hongrie se font couronner. Au total, onze rois et huit reines sont couronnés dans la cathédrale Saint-Martin de Bratislava entre 1563-1830.

À partir du XVIII^e siècle, émerge en Slovaquie et principalement dans les villes, un mouvement national slovaque, un mouvement culturel appelé la « Renaissance nationale slovaque » ; Bratislava voit l'éveil de la conscience nationale slovaque. À cette époque, et notamment durant le règne de Marie-Thérèse de Habsbourg (1740-1780), sont construits de nombreux bâtiments baroques, l'économie est florissante, les premiers parcs voient le jour. Signe de ce développement, le mur d'enceinte de la ville est détruit en 1775 pour permettre l’expansion de la ville. Le premier théâtre de la ville ouvre ses portes en 1776.

En 1784, les autorités centrales hongroises s'installent à nouveau à Buda, cela entraîne une diminution du nombre d'habitants à Bratislava et la détérioration de la situation économique. La ville reste cependant ville de couronnement jusqu'en 1830 et le siège de la Diète hongroise jusqu'en 1848.

L’année 1830 marque le début du transport régulier de voyageurs et de marchandises par bateaux à vapeur sur le Danube et par ce biais l'industrialisation de la ville commence. À la fin du XIX^e siècle, la forte et rapide modernisation de la ville transforme Bratislava en deuxième ville industrielle de Hongrie durant les dernières décennies de l'Empire austro-hongrois.

Après la Première Guerre mondiale et la constitution de la Tchécoslovaquie à Prague le 28 octobre 1918,  les dirigeants de la ville veulent empêcher Bratislava de faire partie intégrante du nouvel État car à cette époque, environ 70% de la population est allemande ou hongroise. Ils déclarent Bratislava « ville libre » et la renomment Wilsonovo Mesto (Ville de Wilson) d’après le Président américain Wilson. Cependant, la ville intègre la Tchécoslovaquie après avoir été prise par l'armée tchécoslovaque le 1^er janvier 1919 et le 27 mars, le nouveau nom officiel de la ville devient « Bratislava ». C’est à cette époque que l’Université actuelle de la ville, l'Univerzita Komenského, est fondée.

Au cours de la Seconde Guerre mondiale, Bratislava est la capitale de l’État slovaque créé en 1939. Entre novembre 1938 et 1945, l’armée allemande n’occupe que deux futurs quartiers de Bratislava, Petržalka et Devín, car le régime de collaboration avec le Reich protège le pays et la ville. Mais après un soulèvement national contre les Allemands, la ville elle-même est occupée par ceux-ci de juin 1944 au 4 avril 1945, date de sa libération par l'armée soviétique et de sa réintégration dans la Tchécoslovaquie qui va devenir socialiste.

En 1968, Bratislava devient la capitale officielle de la République slovaque socialiste, une des deux régions de la Tchécoslovaquie socialiste fédéralisée. En 1989, le régime communiste est renversé sans effusion de sang au cours de la Révolution de Velours et Bratislava devient la deuxième ville de la République fédérale de Tchécoslovaquie, après la capitale, Prague.

Le 1^er janvier 1993, la Slovaquie devient un État indépendant après la division de la Tchécoslovaquie entre  République tchèque et Slovaquie, dont Bratislava devient la capitale.

De fortes évolutions des populations

En parcourant rapidement l’histoire de Bratislava, on constate que la ville n’a pas eu une histoire linéaire et que de nombreuses populations s’y sont côtoyées. On peut renforcer ce constat en observant la structure ethnique de la population de la ville au cours des derniers siècles :

À partir de 1848, Bratislava subit une forte immigration hongroise et une forte magyarisation puisque la langue slovaque n’est plus enseignée dans les écoles et les universités.

Après la guerre de 1914 et durant la  première République tchécoslovaque (1918-1938), les Hongrois émigrent ou s’inscrivent en tant que Tchèques ou Slovaques. Il y a une immigration de fonctionnaires et d’instituteurs tchèques et la langue slovaque est à nouveau enseignée. Les Allemands restent le groupe majoritaire dans la vieille ville. Mais cette période marque le début de l’appropriation de la ville par les Slovaques.

Les Allemands doivent quitter la ville après la Seconde Guerre mondiale.

Toutes ces populations qui se sont côtoyées à Bratislava ont laissé des marques importantes dans la ville et son caractère slovaque est finalement relativement récent.